Mehiläistarhauksessa on erittäin tärkeää valita sopiva mehiläisten alalaji, sillä sen ominaisuudet vaikuttavat merkittävästi hoitoon ja kokonaistuottavuuteen. Euroopassa ja maailmanlaajuisesti kolme suosituinta mehiläisalalajia ovat Buckfast-, Carnica- (Apis mellifera carnica) ja Italian (Apis mellifera ligustica) mehiläiset. Jokaisella niistä on omaleimaisia geneettisiä ja käyttäytymiseen liittyviä piirteitä, jotka määräävät niiden sopeutumisen eri ilmastoalueisiin ja tarhaustapoihin.
Buckfast-mehiläiset (Apis mellifera Buckfast) ovat ihmisen kehittämä hybridilinja, jota alettiin jalostaa 1900-luvun alussa Brother Adamin toimesta Buckfastin luostarissa, Englannissa. Tätä alalajia jalostettiin yhdistämään rauhallinen luonne, tuottavuus, taudinkestävyys ja kyky selviytyä vaativammissa ilmasto-olosuhteissa. Buckfast-mehiläiset tunnetaan poikkeuksellisesta rauhallisuudestaan, sillä ne ovat harvoin aggressiivisia, minkä vuoksi ne ovat erityisen suosittuja harrastajatarhaajien keskuudessa. Ne keräävät hunajaa tehokkaasti ja ovat vain vähäisesti taipuvaisia parveiluun. Yksi tärkeimmistä eduista on talviravinnon taloudellinen käyttö. On kuitenkin syytä huomata, että Buckfast-mehiläiset kehittyvät keväällä hieman hitaammin kuin muut alalajit, koska ne aloittavat haudonnan myöhemmin ja lähtevät liikkeelle jonkin verran jäljessä Carnica- tai Italian mehiläisiä. Tästä syystä tarhaajan on arvioitava mesivirran alun ajoitus huolellisemmin ja tarvittaessa kannustettava Buckfast-mehiläisiä aloittamaan kehitys aiemmin. Toisaalta niiden kehitys on tasaista, ja perheet vahvistuvat nopeasti kauden edetessä. On mainittava, että Buckfast-mehiläisillä on korkea ryöstelytaipumus. Lisäksi tämä alalaji on hybridi, joten jos parittumista ei kontrolloida, F2- tai F3-sukupolvissa voi esiintyä ei-toivottuja ominaisuuksia, mukaan lukien lisääntynyt aggressiivisuus.
Carnica-mehiläiset (Apis mellifera carnica) ovat yksi Euroopan laajimmalle levinneistä luonnollisista alalajeista. Ne ovat peräisin Sloveniasta, Etelä-Itävallasta ja Balkanin alueelta. Näille mehiläisille on ominaista tumma ruumis hopeanharmaisine karvoineen, sulavaliikkeisyys ja keskimäärin lempeä luonne. Carnica-mehiläisiä arvostetaan erityisesti varhaisesta kevätaktiivisuudesta: heti lämpötilan noustessa ne aloittavat haudonnan ja vahvistavat perhettä kevätsatoa varten. Tämä tarkoittaa, että tarhaajan on aloitettava pesän asteittainen laajentaminen jo varhain keväällä, jotta luodaan hyvät edellytykset haudonnalle, perheen kasvulle ja hunajan keruulle. Tämän ominaisuuden vuoksi Carnica sopii erinomaisesti alueille, joilla kevätkukinta alkaa aikaisin. Ne talvehtivat hyvin pieninä mutta tiheinä talvipalloina, jolloin lämpö ja varastot hyödynnetään tehokkaasti. Carnica-mehiläiset ryöstelevät vähän ja suunnistavat hyvin, mikä on erityisen tärkeää metsäisillä tai mäkisillä alueilla. Nämä mehiläiset voivat kuitenkin olla selvästi parveilutaipuvaisempia kuin Buckfast- tai italialaiset mehiläiset. Siksi tarhaajan on tärkeää seurata haudontaa, emokennojen rakentamista ja ehkäistä parveiluvietti ajoissa.
Italian mehiläiset (Apis mellifera ligustica) ovat yksi vanhimmista tarhatuista ja maailmanlaajuisimmin levinneistä mehiläiskannoista. Niiden alkuperäalue on Italian Apenniinien niemimaa. Ne ovat vaaleita, kellertävävatsaisia mehiläisiä, joita pidetään usein hyvin rauhallisina ja halukkaasti yhteistyöhön tarhaajan kanssa. Italialaiset aloittavat haudonnan varhain ja ylläpitävät suuria perheitä koko kesän. Tämän ansiosta ne hyödyntävät erinomaisesti sekä varhaisen että myöhäisen mesivirran. Suurikokoiset perheet merkitsevät kuitenkin suurempaa ravinnon tarvetta talvella, joten Italian mehiläiset kuluttavat selvästi enemmän varastoja kuin muut alalajit. Tarhaajalle tämä tarkoittaa vahvan lisäsyötön varmistamista syksyllä ja riittäviä varastoja talvea varten. Italian mehiläisillä on taipumusta ryöstelyyn, erityisesti jos ympäröivät perheet ovat heikkoja. Ne voivat aktiivisesti etsiä suojaamattomia pesiä ja ryöstää niitä, joten tätä alalajia pidettäessä on kiinnitettävä erityistä huomiota perheiden tasakuntoon. Toisaalta ne puolustavat tehokkaasti omaa pesäänsä muiden perheiden ryöstelijöiltä. Liettuassa yleiset Italian (suomalaisen jalostuksen) mehiläiset eivät ole puhdasrotuisia italialaisia – ne ovat Suomessa sekoittuneet suomalaisten paikalliskantojen ja Kaukasuksen mehiläisten kanssa. Siksi niitä kutsutaan toisinaan italialaisten sijasta suomalaisiksi.
Geneettisesti Italian mehiläiset säilyttävät korkean perinnöllisen puhtauden, mutta alueilla, joilla niitä pidetään Buckfast- tai Carnica-mehiläisten läheisyydessä, havaitaan hybridisaation merkkejä. Tällaisilla risteymäjälkeläisillä voi olla odottamattomia ominaisuuksia, joten vakauden varmistamiseksi suositellaan parittumisen kontrollointia.